Les articles R 1143-4 à R1143-8 du Code de la défense énumèrent les missions du haut fonctionnaire de sécurité et de défense. Certaines de ses missions ressortent de l'enseignement supérieur et de la recherche uniquement.
Conseiller du ministre pour toutes les questions relatives à la défense et aux situations d'urgence affectant la défense, la sécurité et la vie de la nation, le haut fonctionnaire de défense et de sécurité a vocation à représenter le ministre dans les commissions nationales et internationales traitant de ces questions.
Ses missions pour le Ministère de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la recherche (MENESR) sont notamment déclinées comme suit :
1. La diffusion des plans, doctrines d'emploi et directives gouvernementales en matière de défense et de sécurité ainsi que la coordination de l'élaboration des plans ministériels et des instructions d'application. Le service du HFDS veille également à la bonne application de celles-ci.
2. S'assurer de la connaissance et de la bonne application de la planification de défense et de sécurité au sein du département ministériel dont ils relèvent, par des actions de sensibilisation et de formation et par des exercices interministériels et ministériels de mise en oeuvre des plans.
3. Le maintien en condition opérationnelle du dispositif ministériel de situation d'urgence et la mise en place d'un dispositif permanent de veille et d'alerte.
4. L'élaboration et la mise en œuvre des politiques de sécurité dans les secteurs d'activité reconnus d'importance vitale, en particulier la recherche et l'espace ;
5. Le conseil au ministre sur la protection des biens et des personnes au sein du ministère comme à l'occasion des attentats de janvier 2015. Il peut être chargé de l'application de ces mesures.
6. La protection du patrimoine scientifique et technique. Ce domaine ressort de l'enseignement supérieur et à la recherche.
7. L'application des dispositions relatives à la protection du secret de la défense nationale. Le HFDS délivre les habilitations des personnes devant accéder à des documents classifiés.
8. Le déploiement et le maintien en conditions opérationnelle des moyens sécurisés de communication électronique gouvernementale et des outils de situation d'urgence ;
9. Le renforcement de la SSI en relayant les politiques de sécurité des systèmes d'information ;
Le HFDS veille également à la préparation et à la mise en place des moyens destinés à permettre au ministre d'assurer la conduite opérationnelle de l'action gouvernementale en situation de crise.
Le haut fonctionnaire n'a pas vocation à assurer la direction de cette conduite opérationnelle.
Chaque année, le H.F.D.S. adresse à son ministre et au SGDSN un compte-rendu de son activité.
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