La loi de séparation des églises et de l’État a été adoptée en 1905, période pendant laquelle les départements d’Alsace-Moselle étaient annexés par l’empire allemand, à la suite de la défaite de 1870 et du traité de Francfort du 10 mars 1871. En 1918, quand l’Alsace-Moselle redevient française, la loi de 1905 n’y est pas appliquée. L’Alsace-Moselle conserve son droit local, ce qui est confirmé par la loi du 1er juin 1924.
Le statut des cultes dans les départements du Bas-Rhin, du Haut-Rhin et de la Moselle est largement issu du
régime concordataire mis en place en 1802, modifié par des textes allemands notamment sur le traitement et les pensions des ministres du culte, de leurs veuves et de leurs orphelins.
Comme sous le Concordat, quatre cultes sont reconnus : le culte catholique, les cultes protestants luthérien et réformé, le culte israélite. Ces cultes sont dotés, pour l’exercice de leur mission, d’organismes ayant la personnalité morale, les
établissements publics du culte.
L’Église catholique dispose de trois catégories d’établissement :
- les fabriques d’église dans chaque paroisse ;
- les menses (épiscopale, capitulaire et curiale) ;
- les séminaires.
Les protestants sont organisés en conseils presbytéraux dans chaque paroisse et en consistoires regroupant plusieurs paroisses.
Le culte israélite est organisé en consistoires départementaux.
Ces établissements publics sont sous la tutelle de l’État, notamment pour les opérations d’acquisition à titre onéreux et sur la vente de biens immeubles, de rentes ou valeurs garanties par l’État qu’ils réalisent ainsi que sur les dons et legs qui leur sont consentis.
La définition des circonscriptions territoriales de chacun de ces cultes et la nomination de certains
personnels du culte sont soumises à l’autorisation du ministre de l’intérieur. Le bureau des cultes intervient dans la désignation de ces personnels qu’il rémunère sur le budget de l’État.
En outre, un
enseignement religieux est dispensé dans les écoles publiques, ce qui est interdit dans les autres départements français.
En Alsace-Moselle, se pose le problème du statut de l’islam qui n’est pas un culte reconnu mais qui compte environ 100 000 fidèles dans ces trois départements. En 2006, la
commission présidée par Jean-Pierre Machelon sur les relations des cultes avec les pouvoirs publics avait notamment proposé d’engager un processus de reconnaissance du culte musulman en commençant par l’introduction de l’enseignement religieux musulman dans les établissements secondaires et par la mise en place d’un système de formation des personnels religieux.
En mai 2018, en
réponse à une question écrite du député Bruno Fuchs, le ministre de l'Éducation nationale a cependant précisé que "l'obligation de l'État de dispenser un enseignement religieux est circonscrite aux seuls quatre cultes reconnus en Alsace-Moselle avant l'entrée en vigueur de la Constitution (le culte catholique, les deux cultes protestants, correspondant, d'une part, à l'Église luthérienne, dite Église de la confession d'Augsbourg d'Alsace et de Lorraine et, d'autre part, à l'Église réformée d'Alsace et de Lorraine, ainsi que le culte israélite). L'État ne saurait donc, sur le fondement du droit local, organiser et financer l'enseignement d'un autre culte, notamment du culte musulman, dans les écoles publiques de ces départements".
Plus largement, le Conseil constitutionnel a été saisi d’une question prioritaire de constitutionnalité sur le régime concordataire. L’Association pour la promotion et l’expansion de la laïcité contestait la constitutionnalité des dispositions relatives au traitement des pasteurs des églises consistoriales en Alsace-Moselle. Dans sa
décision du 21 février 2013, le Conseil a jugé que le droit local en vigueur en Alsace-Moselle était conforme à la Constitution. Le Conseil a considéré que la proclamation du caractère laïque de la République dans la Constitution ne signifiait pas pour autant la remise en cause des dispositions applicables dans certaines parties du territoire de la République lors de l’entrée en vigueur de la Constitution
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