Lorsque l’agent est physiquement définitivement inapte à reprendre son service à l’issue d’un congé de maladie, de grave maladie, d’accident du travail ou de maladie professionnelle, l'employeur a l'obligation d'étudier les possibilités de reclassement, dans un autre emploi. Il ne peut procéder au licenciement que si le reclassement est impossible. Dans sa décision n°227868 du 2 octobre 2002, le Conseil d’État a dégagé le principe général du droit (PGD) selon lequel « lorsqu’il a été médicalement constaté qu’un salarié se trouve de manière définitive atteint d’une inaptitude physique à occuper son emploi, il appartient à l’employeur de le reclasser dans un autre emploi et en cas d’impossibilité, de prononcer, dans les conditions prévues pour l’intéressé son licenciement. » Voir l'article...

Si au terme d’un congé pour raison de santé, l’agent est temporairement inapte à l’exercice de ses fonctions et ne peut prétendre à aucun congé rémunéré, il est placé en congé de maladie non rémunéré pour une année, éventuellement prolongé de six mois sous réserve qu’un avis médical précise que l’agent sera susceptible de reprendre ses fonctions au terme de cette période complémentaire. [3]
L’inaptitude de l’agent peut être contrôlée par un médecin agréé ; elle doit l’être obligatoirement lorsque l’inaptitude conduit à prononcer le licenciement de l’intéressé ; le comité médical doit être consulté dès lors que l’avis du médecin agréé est contesté.
Si l’agent est sous CDD, le congé ne peut être accordé au-delà de la période d’engagement restant à courir[4].
Si l'agent se trouve, à l'issue de la période de congé sans traitement, en droit de prétendre à un congé pour accident du travail ou maladie professionnelle, ou à un congé de maternité, de paternité ou d’adoption, le bénéfice de ce congé lui est accordé (art. 17 décret 17 janvier 1986).
Si à l’issue du congé sans traitement, l’agent ne peut plus bénéficier d’aucun congé maladie, il convient de proposer aux agents dont l’inaptitude partielle a été constatée, une adaptation de leur poste de travail en vue de leur réemploi sur ce poste. En cas d’impossibilité, un reclassement sur un emploi correspondant mieux à leur état de santé doit leur être proposé selon la même procédure que celle de l’inaptitude définitive prévue à l’article 17-3 du décret du 17 janvier 1986 (cf. point 7-5-2-2).
Si son reclassement est impossible et si son engagement n’est pas arrivé à son terme, les dispositions réglementaires n’offrent d’autres solutions que le licenciement. Voir l'article...

À l’issue des congés pour raison de santé accordés en application du décret du 17 janvier 1986, l’agent contractuel est réemployé dans la mesure où il remplit toujours les conditions requises énumérées à l’article 3 du décret et où il est apte physiquement à l’exercice de ses fonctions.
Dans la mesure permise par le service, le réemploi a lieu sur le même emploi ou occupation précédente. Si le réemploi ne peut avoir lieu en raison des nécessités de service, l’agent contractuel bénéficie d’une priorité pour obtenir une affectation équivalente à celle de son affectation antérieure compte tenu notamment de son niveau de responsabilité et de rémunération (article 32 du décret 17 janvier 1986). L’existence de cette priorité ne fait pas obstacle à ce que l’intéressé s’inscrive en parallèle comme demandeur d’emploi et bénéficie des allocations pour perte d’emploi auxquelles il peut prétendre. Voir l'article...

Un contrôle peut être effectué à tout moment, durant un congé de maladie, par un médecin agréé de l’administration. En cas de contestation, le comité médical et le comité médical supérieur peuvent être saisis dans les mêmes conditions que pour les fonctionnaires. Ces saisines ne prorogent pas la durée du CDD (article 18 du décret du 17 janvier 1986). 
En outre, dans la mesure où les agents contractuels relèvent du régime général de sécurité sociale et bénéficient à ce titre de certaines prestations, ils peuvent être contrôlés par le médecin contrôleur de la caisse d'assurance maladie. Voir l'article...

Le dernier alinéa de l’article 2 du décret du 17 janvier 1986 précise que lorsqu’en application de l’article R.321-2 du code de la sécurité sociale, les prestations en espèces versées par le régime général sont diminuées, le traitement versé par l’administration en application des articles 12 et 13 du décret du 17 janvier 1986 est réduit à due concurrence de la diminution pratiquée.
En effet, l’article D.323-2 du code de la sécurité sociale prévoit qu’en cas d’envoi tardif des lettres d’avis d’interruption de travail prévues par les articles L.321-2 et R.321-2 du même code, « le montant des indemnités journalières afférentes à la période écoulée entre la date de prescription de l’arrêt et la date d’envoi est réduit de 50 % ». Les prestations en espèces servies en application du régime général de sécurité sociale venant en déduction des sommes allouées par l’administration, il n’apparaissait pas équitable de lui faire supporter une charge accrue, le montant du traitement étant calculé sur la base de prestations réduites versées par le régime général en cas de retard par l’agent dans l’envoi des lettres d’interruption de travail. Voir l'article...

La réglementation prévoit que les prestations en espèces servies en application du régime général de sécurité sociale en matière de maladie, invalidité, accidents du travail ou maladie professionnelle, ainsi que les pensions de vieillesse allouées en cas d'inaptitude au travail sont déduites du montant du traitement maintenu (septième alinéa de l’article 2 du décret du 17 janvier 1986).
Compte tenu des difficultés rencontrées par de nombreux services gestionnaires pour mettre en œuvre le dispositif de déduction prévu à l’alinéa 6, le 7ème alinéa impose la communication par l’agent contractuel, à l’administration, du montant des prestations en espèces (indemnités journalières : IJ) ou des pensions de vieillesse allouées pour inaptitude physique par les caisses de sécurité sociale. L’administration peut suspendre le versement du traitement jusqu’à la transmission des informations demandées.
Les services gestionnaires sont en conséquence invités à rappeler à leurs agents contractuels les règles applicables en matière de rémunération des congés pour raison de santé (notamment que les prestations en espèces et les pensions de vieillesse versées en application du code de la sécurité sociale sont déduites du plein ou du demi-traitement maintenu par l’administration durant les congés prévus aux articles 12 à 15 du décret du 17 janvier 1986) et à les inciter à leur transmettre rapidement les décomptes des indemnités journalières perçues. Voir l'article...

Le décret n° 2010-997 du 26 août 2010, qui définit le régime de maintien des primes et indemnités des agents publics dans certaines situations de congés, dispose que le bénéfice des primes et indemnités versées aux agents contractuels relevant du décret du 17 janvier 1986 est maintenu dans les mêmes proportions que le traitement en cas de congés annuels, de congés de maladie ordinaire, de congés pour accident de service, pour accident du travail ou pour maladie professionnelle, de congés de maternité, d'adoption et de paternité
Il convient de rappeler que l’article 126 de la loi n° 2013-1278 du 29 décembre 2013 de finances pour 2014, a abrogé le jour de carence instauré par le loi n° 2011-1977 du 28 décembre 2011 de finances pour 2012 à compter du 1er janvier 2014.
Les agents contractuels perçoivent donc à nouveau leur rémunération versée par l’employeur au titre du premier jour de ce congé dès lors qu’ils ont l’ancienneté exigée pour bénéficier de la protection statutaire. A défaut d’ancienneté suffisante, ils relèvent uniquement du régime général de sécurité sociale qui n’indemnise pas les trois premiers jours d’arrêt de travail. Voir l'article...

L’article 15 du décret du 17 janvier 1986 indique que « l'agent contractuel en activité a droit, après six mois de services, à un congé de maternité, de paternité, d’accueil de l’enfant ou d'adoption rémunéré, d'une durée égale à celle fixée par la législation sur la sécurité sociale. Pendant toute la durée de ce congé, l'intéressé perçoit son plein traitement ». Voir l'article...

Le régime de réparation en matière d’accident du travail ou de maladie professionnelle est précisé à l’article 14 du décret du 17 janvier 1986. Les agents contractuels bénéficient, lorsqu’ils sont en activité, d’un congé pendant toute la durée d’incapacité de travail précédant soit la guérison complète, soit la consolidation de la blessure, soit le décès. Dans cette situation, les indemnités journalières sont portées par l’administration au montant du plein traitement pendant une période déterminée en fonction de l’ancienneté de l’agent contractuel, à savoir :

•  pendant un mois, dès leur entrée en fonctions :
•  pendant deux mois après deux ans de services ;
•  pendant trois mois après trois ans de services.

À l'expiration de la période de rémunération à plein traitement, l'intéressé bénéficie des indemnités journalières prévues dans le code de sécurité sociale qui sont servies :

•  soit par l'administration pour les agents recrutés ou employés à temps complet ou sur des contrats d'une durée supérieure à un an ;
•  soit par la caisse primaire de sécurité sociale dans les autres cas. Voir l'article...

L’article 13 du décret du 17 janvier 1986 précise que l’agent contractuel en activité et comptant au moins trois années de service, atteint d’une affection dûment constatée, le mettant dans l’impossibilité d’exercer son activité, nécessitant un traitement et des soins prolongés et présentant un caractère invalidant et de gravité confirmée bénéficie d’un congé de grave maladie, pendant une période de trois ans (dont un an à plein traitement et deux ans à demi-traitement). Il convient de noter que le décret du 21 mars 2014 a supprimé l’exigence de continuité qui était auparavant exigée. Voir l'article...