Le programme Balaton est géré pour les partenaires hongrois par l'Office National pour l’Innovation (NIH) en ce qui concerne les projets en sciences exactes et par le Ministère des Ressources Humaines (EMMI) pour ce qui est des sciences humaines et sociales. En France, il est mis en oeuvre par le Ministère des Affaires étrangères et du Développement international (MAEDI) et le Ministère de l'Education nationale et de l'Enseignement supérieur et de la Recherche (MENESR). Voir l'article...