L’IDEX s’organise autour de trois pôles verticaux (recherche, formation, impact socio-économique) et deux axes transversaux : l’un relatif à la dimension internationale, avec un focus vers les pays méditerranéens et l’autre relatif à l’attractivité et à la fidélisation des talents. Cinq grands axes thématiques ont été identifiés (Énergie ; Environnement, planète et univers ; Santé et sciences de la vie ; Sciences et technologies avancées et Humanités).
Le site contribue à hauteur de 5,4 % de la production scientifique nationale en 2014-2016 (source HCERES-OST). Les contributions les plus importantes sont en Biologie fondamentale (6,8 %) et en Physique (6,2 %).
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