Les COMUE ont ainsi des compétences qui varient en fonction de celles qui leur sont transférées par les établissements membres de la communauté et que définissent leurs statuts.
- Certaines COMUE portent l'accréditation du doctorat, voire de certains masters et licences.
- La plupart portent un pôle pour étudiant pour l'innovation, le transfert et l'entrepreneuriat PEPITE.
- Quelques-unes envisagent d'intégrer une ESPE à titre de composante propre.
- La plupart des COMUE ont une politique commune de signature scientifique.
- Certaines assurent la répartition de la part de la dotation de fonctionnement que les établissements membres consacrent à leurs structures de recherche
- Certaines lancent et soutiennent des programmes de recherche, mettent en place une structure d'appui à la recherche internationale pour permettre de mieux répondre aux appels à projets européens, etc. Voir l'article...