Le projet d'arrêté doctoral est repoussé suite aux réactions qu'il a suscité. En sa défaveur, la crainte que le doctorat ne soit plus "une contribution savante de haut niveau mais un diplôme bac+8 adapté aux demandes professionnelles" et un paradoxe : ouvrir l'accès au doctorat par la VAE à des personnes en emploi alors que les doctorants sont peu reconnus sur le marché du travail.
La reconnaissance des acquis de l'expérience est un point sensible. Le doctorat est défini par la loi comme une expérience professionnelle de recherche, qui peut être reconnue par la VAE, mais à laquelle s'ajoute obligatoirement la présentation de travaux de recherche originaux. Or, pour ses détracteurs, le projet d'arrêté doctoral n'encadre pas suffisamment la VAE et il permettrait l'obtention du doctorat sans justifier d'une expérience de recherche équivalente à celle nécessaire actuellement.