Dans certains domaines clés, il faut décloisonner, renforcer la coordination des travaux et rapprocher les différents acteurs de la recherche : c'est la vocation des Alliances. La France dispose désormais de cinq Alliances dans les domaines des sciences de la vie et de la santé, de l'énergie, des sciences et technologies de l'information, de l'environnement, et des sciences humaines et sociales.
Aviesan, Ancre, Allistène, AllEnvie, Athena.
Les Alliances ont vocation à améliorer la coordination entre les acteurs d'un même champ de recherche, et à bâtir une réflexion prospective de long terme. Elles ont pour objectifs d'accroître la performance, la visibilité, le rayonnement international et de valoriser la recherche française.

Leurs missions :

  • Favoriser les partenariats de recherche et les synergies entre les acteurs publics et privés du secteur (organismes de recherche, universités et entreprises), en France et en Europe.
  • Concevoir des programmes thématiques de R&D cohérents avec la stratégie nationale de recherche et d'innovation.
  • Participer à l'élaboration de la programmation de l'Agence nationale de la recherche (A.N.R.)..
  • Participer à la construction de l'espace européen de la recherche et à la coordination des efforts de recherche publique à l'international.

Les cinq Alliances
Aviesan, l'Alliance nationale pour les sciences de la vie et de la santé
Date de naissance : 8 avril 2009
Membres fondateurs : Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM), le Centre national de recherche scientifique (C.N.R.S.), le Commissariat à l'Energie Atomique (C.E.A.), l'Institut national de recherche agronomique (INRA), Institut national de recherche en informatique et en automatique (INRIA), l'Institut de recherche pour le développement (I.R.D.), Institut Pasteur, Conférence des présidents d'universités (C.P.U.), Conférence des directeurs généraux de centre hospitalier universitaires.
Aviesan représente tous les laboratoires français sur les maladies neuro-dégénératives dans le cadre de la programmation conjointe sur le sujet.

Ancre, l'Alliance nationale de coordination de la recherche pour l'énergie
Date de naissance : 17 juillet 2009
Membres fondateurs : le Commissariat à l'Energie Atomique (CEA), le Centre national de recherche scientifique (C.N.R.S.), l'Institut français du pétrole (I.F.P.).
Membres associés : ANDRA, B.R.G.M., CEMAGREF, CIRAD, C.P.U., C.S.T.B., IFREMER, INERIS, INRA, INRETS, INRIA, I.R.D., I.R.S.N., ONERA.
Cette Alliance vise à mieux coordonner et à renforcer l'efficacité des recherches sur l'énergie menées par les divers organismes publics nationaux. Elle participe à la mise en œuvre de la stratégie française de recherche et développement dans ce secteur, et à l'Alliance européenne sur la Recherche en Energie (European Energy Research Alliance, ou EERA).

Allistène, l'Alliance des sciences et technologies du numérique
Date de naissance : 17 décembre 2009
Membres fondateurs : la Conférence des Directeurs d'Écoles et Formations d'Ingénieurs (CDEFI), le Commissariat à l'Energie Atomique (C.E.A.), le Centre national de recherche scientifique (C.N.R.S.), la Conférence des présidents d'université (C.P.U.), l'Institut National de Recherche en Informatique et en Automatique (INRIA) et l'Institut Télécom.

AllEnvie, l'Alliance dans le domaine de la recherche environnementale
Date de naissance : 9 février 2010
Membres fondateurs : le Bureau de recherches géologiques et minières (B.R.G.M.), le Commissariat à l'Energie Atomique (C.E.A.), l'Institut de recherche en sciences et technologies pour l'environnement (Cemagref), le Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (Cirad), le Centre national de recherche scientifique (C.N.R.S.), la Conférence des présidents d'université (C.P.U.),l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer), l'Institut national de recherche agronomique (INRA),l'Institut de recherche pour le développement (I.R.D.), le laboratoire central des ponts et chaussées (L.C.P.C.), Météo France et le Muséum national d'histoire naturelle.

Athena, l'Alliance nationale des humanités, sciences humaines et sciences sociales
Date de naissance : 22 juin 2010
Membres fondateurs : le Centre national de recherche scientifique (CNRS), la Conférence des Grandes Ecoles (CGE), la Conférence des présidents d'université (CPU), et l'Institut national d'études démographiques.
Athena a notamment pour objectifs de concevoir les moyens de consolider les dispositifs d'accueil de la qualité scientifique (Institut universitaire de France, chaires d'excellence, Instituts d'études avancées, Maisons des sciences de l'Hommeetc.), et de faire des propositions pour développer les coopérations entre les acteurs de la recherche en matière d'infrastructures de recherche et grands équipements (bibliothèques, numérisation).

Les alliances dans l'espace européen de la recherche
Les alliances ont vocation à participer aux dispositifs de coordination des efforts de recherche des Etats européens intéressés dans un domaine donné au travers d'instruments tels que les programmations conjointes (liens), le SET-plan.