Communiqué  de Valérie Pécresse, 17 mars 2009
Cette nouvelle organisation fait suite notamment à la création de l'Agence d'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (AERES) et de l'Agence nationale de la recherche, et à la mise en place de l'autonomie des universités depuis le 1er janvier 2009. Ce processus vise à recentrer le ministère sur ses fonctions-clés et à transférer certaines missions et compétences.
En effet, suite au Pacte pour la Recherche et à la loi sur l'autonomie, il était nécessaire de repenser les relations du ministère avec les établissements d'enseignement supérieur et de recherche en étant  stratège, innovant et transparent. Stratège pour anticiper et proposer des initiatives d'évolution de notre système et de nos priorités scientifiques. Innovant en privilégiant une approche transversale de l'enseignement supérieur et de la recherche avec l'université au cœur du système. Transparent, en clarifiant les règles d'allocation des moyens et les règles du jeu de la contractualisation avec les établissements d'enseignement supérieur (arrêté du 16 03 2009 portant création du pôle de contractualisation et de financement).
Cette organisation s'appuiera sur deux grandes directions générales aux périmètres redéfinis:
* la direction générale pour l'enseignement supérieur et l'insertion professionnelle (DGESIP), tournée vers les établissements d'enseignement supérieur, est en charge de  piloter la politique d'enseignement supérieur (orientations stratégiques nationales et référentiels de la formation initiale et continue, contractualisation avec les établissements d'enseignement supérieur, orientation et insertion professionnelle, vie étudiante) ;
* la direction générale pour la recherche et l'innovation (DGRI), orientée vers les organismes de recherche et les entreprises, aura pour mission d'élaborer la stratégie nationale en matière de recherche et d'innovation, et d'en assurer la cohérence et la qualité.
Enfin, pour améliorer la transversalité entre ces deux directions, des missions sont mutualisées au sein de trois services communs: 
* un service Coordination stratégique et territoires, destiné à veiller à l'intégration des stratégies nationales dans les grands sites universitaires et scientifiques ;
* un service Grands projets immobiliers, en charge notamment du suivi de la mise en œuvre de l'Opération Campus ;
* une sous-direction Systèmes d'information et études statistiques.
Le décret et les arrêtés (1 et 2) portant sur l'organisation du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche ont été publiés aujourd'hui au Journal officiel.
The Ministry of Higher Education and Research adapt the organization of its central administration. Valérie Pécresse Release, 17 March 2009. This new organization follows particular the establishment of the Agency for Assessment of Research and Higher Education (AERES) and the national research agency, and the introduction of university autonomy since 1 January 2009. Transparent, clarifying the rules for the allocation of resources and the rules of contracting with institutions of higher education (Decree 16 of 03 in 2009 establishing the center of contracts and funding). The decree and orders (1 and 2) on the organization of the Ministry of Higher Education and Research were published today in the Official Journal. More...