Cinq innovations au ministère
- la DGES devient la DGESIP
- constitution d’un service commun pour la « coordination stratégique et les territoires »
- création d’un pôle de financement et de contractualisation
- la fonction stratégique sera clairement identifiée au sein des services spécifiques de la DGRI et de la DGESIP
- le pilotage et la gestion des programmes LOLF sont placés au cœur des directions

Le ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche prépare sa mue, suite à l'audit d'Accenture et du cabinet McKinsey, commandité en octobre 2008 par Valérie Pécresse. Les premiers éléments de sa réorganisation, qui seront mis en œuvre dès le premier semestre 2009, ont été dévoilés par Valérie Pécresse, dans un discours prononcé devant les directeurs, sous-directeurs et chefs de service du ministère, le 13 novembre 2008. La loi LRU commandait un tel aggiornamento du ministère.« À partir du moment où de nouvelles relations se nouent entre l’État et les universités, il nous fallait revoir l’organisation du ministère. Nous sommes passés d’une logique de simple tutelle à une logique partenariale, de pilotage, fondée sur le contrat », indique un proche de la ministre. 
La DGESIP remplace la DGES

Première innovation : la DGES change de nom. Ce sera désormais la DGESIP (direction générale pour l’enseignement supérieur et l’insertion professionnelle), pour s’adapter à cette nouvelle mission confiée aux universités par la loi LRU. La ministre projette également de créer un « pôle de financement et de contractualisation », une agence de service public au sein de la DGESIP. Elle jouera le rôle clé d’interlocuteur des établissements d’enseignement supérieur concernant le nerf de la guerre, l’argent. 
Un pôle pour négocier les financements des universités

Chargé d’allouer les financements aux établissements d'enseignement supérieur, sur la base du contrat qu’il aura la responsabilité de négocier avec eux, ce pôle assurera également le « suivi analytique des données de performance, d’activité et de moyens ». Enfin, il accompagnera les établissements qui le souhaitent sur leur gouvernance et leur gestion, leur politique scientifique, d’enseignement supérieur, d’innovation ou d’insertion professionnelle. Bénéficiant de moyens globalisés, il sera doté d’un conseil de surveillance dont le président sera le directeur général de la DGESIP et le vice-président le directeur général de la DGRI (direction générale de la recherche et de l'innovation).
Une stratégie de site entre universités et organismes

Autre nouveauté : la création d'un service commun pour la « Coordination stratégique et les territoires ». Rattaché aux deux directions générales (DGESIP et DGRI), il « incarne la volonté de décloisonner la recherche et l'enseignement supérieur ». En pratique, il aura pour mission d'harmoniser les stratégies entre organismes de recherche et universités, « au plan national et au plan régional dans une logique de site ».
Une restructuration des services

Un véritable bouleversement de l’organisation interne se profile à l’horizon. « La fragmentation de nos services éclatés en près de 50 bureaux est apparue comme une source de dysfonctionnements », a estimé la ministre, qui a décidé de supprimer ce dernier échelon hiérarchique. Les compétences seront regroupées au sein de départements d’au moins 10 personnes. « Rares sont ceux d’entre vous qui exerceront les mêmes responsabilités dans la nouvelle organisation », a prévenu Valérie Pécresse. « Chacun doit pouvoir trouver sa place » a-t-elle ajouté, rassurante. Organigramme actuel du ministère. Organigramme_cible_pour_le_MESR. Discours_de_Valerie_Pecresse.

El Ministerio de Educación Superior e Investigación reestructurado para 2009. El Ministerio de Educación Superior e Investigación está preparando su impulsada, a raíz de la auditoría de Accenture y McKinsey, encargado en octubre de 2008 por Valérie PECRESSE. Los primeros elementos de su reorganización, que se llevará a cabo en el primer semestre de 2009 se anunció por Valérie PECRESSE, en un discurso entregados a los directores, directores adjuntos y jefes de departamento en el Ministerio el 13 de noviembre de 2008. La ley LRU mandado la actualización de dicho ministerio. "Tan pronto como se forman las nuevas relaciones entre el Estado y las universidades, se debería revisar la organización del ministerio. Hemos pasado de una simple lógica Fiduciario asociación, la dirección, sobre la base del contrato ", dijo un pariente del ministro. Actual organización del Ministerio. Organigramme_cible_pour_le_MESR. Discours_de_Valerie_Pecresse.